1 - دعاى حضرت امام مجتبى علیه السلام هنگامى که نزد معاویه رفتند
این دعا را به سند خود، از ابوالمفضل محمد بن عبدالله بن مطلب شیبانى داریم . او مى گوید: ابوالحسین رجاء بن یحیاى عبرتائى گفت : من این دعا را در خانه ى سرورمان حضرت ابو محمد عسکرى علیه السلام نوشتم که دعاى امام مجتبى علیه السلام بود به هنگام رفتن به سوى معاویه .
بسم الله الرحمان الرحیم ، بسم الله العظیم الاکبر، اللهم سبحانک یا قیوم ، سبحان الحى الذى لایموت ، اسالک کما امسکت عن دانیال افواه الاسد و هو فى الجب فلایستطیعون الیه سبیلا الا باذنک ، اسالک ان تمسک عنى امر هذا الرجل و کل عدو لى فى مشارق الارض و مغاربها من الانس و الجن ، خذ باذانهم و اسماعهم و ابصارهم و قلبوبهم و جوارحهم ، و اکفنى کیدهم بحول منک و قوه ، و کن لى جارا منهم و من کل جبار عنید و من کل شیطان مرید لا یومن بیوم الحساب .
ان ولیى الله الذى نزل الکتاب و هو یتولى الصالحین . فان تولوا فقل : حسبى الله لا اله الا هو، علیه توکلت و هو رب العرش العظیم .
این را در کتاب اغاثه الداعى و اعانه الساعى آورده ایم که نزد داناى هوشیار، این کتاب بدان شایان تر بود.
2 - دعاى دیگرى از امام مجتبى علیه السلام
یا من الیه یفر الهاربون و به یستانس المستوحشون ، صل على محمد و آله ، و اجعل انسى بک فقد ضاقت عنى بلادک ، و اجعل توکلى علیک فقد ما على اعداوک .
اللهم صل على محمد و آل محمد و اجعلنى بک اصول و بک اجوال و علیک اتوکل و الیک انیب .
اللهم و ما و صفتک من صفه او دعوتک من دعاء یوافق ذلک محبتک و رضوانک و مرضاتک ، فاحینى على ذلک و امتنى علیه و ما کرهت من ذلک فخذ بناصیتى الى ما تحب و ترضى . بوت الیک ربى من ذنوبى و استغفرک من جرمى و لا حول و لا قوه الا بالله .
لا اله الا الله الحکیم الکریم و صلى الله على محمد و آله ، و اکفنا مهم الدنیا و الاخره فى عافیه ، یا رب العالمین .
3 - دعاى دیگرى از حضرت مجتبى علیه السلام
اللهم انک الخلف من جمیع خلقک و لیس فى خلقک خلف منک . الهى من احسن فبرحمتک و من اساء فبخطیئته ، فلا الذى احسن استغنى عن رفدک و معونتک و لا الذى اساء استبدل بک و خرج من قدرتک ، الهى بک عرفتک و بک اهتدیت الى امرک و لو لا انت لم ادر ما انت ، فیا من هو هکذا و لا هکذا غیره ، صل على محمد و آل محمد و ارزقنى الاخلاص فى عملى و السعه فى رزقى .
اللهم اجعل خیر عمرى آخره و خیر عملى خواتمه و خیر ایامى یوم القاک .
الهى اطعتک ، و لک المنه على ، فى احب الاشیاء الیک : الایمان بک و التصدیق برسولک ، و لم اعصک فى ابغض الاشیاء الیک : الشرک بک و التکذیب برسولک ، فاغفرلى ما بینهما یا ارحم الراحمین .
4 - دعایى دیگر که امیر المؤ منین علیه السلام به فرزند خود امام مجتبى علیهالسلام آموخت
(آن حضرت فرمود:) اگر براى کارى خواستى نزد کسى بر وى ، این را بنویس و در دست راست پنهان ساز و هر جا مى خواهى برو.
اللهم انى اسالک یا الله یا واحد یا احد یا وتر یا نور یا صمد، یا من ملات ارکانه السماوات و الارض (اسالک ) ان تسخر لى قلب فلان ابن فلان کما سخرت الحیه لموسى بن عمران علیه السلام ، و اسالک ان تسخر لى قلبه کما سخرت لسلیمان جنوده من الجن و الانس و الطیر فهم یوزعون ، و اسالک ان تلین لى قلبه کما لینت الحدید لداود علیه السلام .
و اسالک ان تذلل لى قلبه کما ذللت نور القمر لنور الشمس ، یا الله هو عبدک ابن امتک و انا عبدک ابن امتک ، اخذت بقدمیه و بناصیته فسخره لى حتى یقضى حاجتى هذه و ما ارید، انک على کل شى ء قدیر، و هو على ما هو فیما هو، لا اله الا هو الحى القیوم .
5 - دعاى دیگرى که امیر المؤ منین علیه السلام به امام مجتبى علیه السلام آموخت .
یا عدتى کربتى ، یا غیاثى عند شدتى ، یا ولیى فى نعمتى یا منجحى فى حاجتى ، یا مفزعى فى ورطتى ، یا منقذى من هلکتى ، یا کالئى فى وحدتى ، اغفرلى خطیئتى ، و یسرلى امرى ، و اجمع لى شملى ، و انجح لى طلبتى ، و اصلح لى شانى و اکفنى ما اهمنى .
و اجعل لى من امرى فرجا و لا، تفرق بینى و بین العافیه ابدا ما ابقیتنى و فى الاخره اذا توفیتنى ، برحمتک یا ارحم الراحمین .